Бухарские евреи впервые появились на территории сегодняшнего Таджикистана в 17-18 веках. В 20 веке к ним присоединились ашкеназские евреи, многие из которых были беженцами в годы Холокоста.

В 1959 году еврейское население Таджикистана оценивалось в 13 400 человек. Это число сократилось до 11 000 в 1989 году.

Из-за нестабильной ситуации в стране в конце 1980-х и начале 1990-х годов (в период с 1992 по 1997 год в стране шла гражданская война), большинство евреев эмигрировали в Израиль, Соединенные Штаты Америки и Россию.

На данный момент еврейское население Таджикистана сосредоточено в Душанбе и Худжанде.