Прежде, чем занять пост генерального директора ЕАЕК, д-р Хаим Бен-Яаков возглавлял Представительство Еврейского Агентства в Москве и странах Балтии, а также являлся советником по вопросам образования Еврейского агентства в Израиле.
Д-р Хаим Бен-Яаков основал и руководил Институтом изучения иудаизма и подготовки общинных работников в Москве, а также являлся председателем сессии «Мировая Еврейская Диаспора выходцев из стран бывшего СССР – современные вызовы» в рамках Герцлийской Конференции.
Сфера научных интересов д-ра Хаима Бен-Яакова включает традиционные ритуалы иудаизма в различные исторические периоды, принципы формирования национального государства и национально культурной идентичности, взаимодействие универсальных и партикулярных культурных ценностей, структуру израильского общества и еврейской диаспоры, а также историю сионизма.