Впервые евреи поселились в Кыргызстане около тысячи лет назад, но еврейская община начала формироваться только во второй половине 19 века, когда Центральная Азия стала частью Российской империи. Ашкеназские евреи предпочитали северную часть страны, а сефардские традиционно селились на юге. В 20 веке бухарские евреи начали постепенно мигрировать в северные районы.

Число ашкеназских евреев в Кыргызстане резко увеличилось в 1940-х годах за счет эвакуированных и беженцев. Количество эвакуированных евреев в годы Второй мировой войны оценивается в 26 000 человек, хотя есть оценки, превышающие это значение более чем в полтора раза.

В 1941 году в Бишкеке была открыта синагога.

К концу 1970-х годов еврейское население Кыргызстана сократилось до 7200 человек. Наряду с европейскими и бухарскими евреями в Кыргызстане проживали небольшие группы караимов, крымчаков и евреев Кавказа, которые попали в сюда в результате сталинских репрессий.

С начала 1990-х годов из страны эмигрировали более 5000 человек. Их переезд в Израиль и другие страны продолжается по сегодняшний день.

На данный момент большинство евреев Кыргызстана проживает в Бишкеке. В столице Кыргызстана активно функционирует еврейская община. Есть действующая синагога, ежедневно проводится молитва, свое двадцатипятилетие отметила общеобразовательная еврейская школа, более двадцати лет функционирует служба социальной поддержки. В общине сложились яркие традиции неформального еврейского образования.

В Бишкеке открыта Еврейская образовательная воскресная школа JFuture, специальный проект Евро-Азиатского Еврейского Конгресса.